在政策的大力支持下，环保产业在2015年极度活跃。2016年，全国工商联环境商会呼吁政策进一步对环保产业倾斜，解决环保产业的税收瓶颈。
3月1日，全国工商联环境商会发布《关于完善环保产业税收优惠政策的提案》(以下简称《提案》)，指出环保产业是典型的政策驱动型产业，税收优惠是助推其发展的最为有效的扶持措施。
《提案》称，目前我国环保产业在税收方面存在三个问题。
首先，针对工业企业改善环境质量为导向的绿色税收政策不完善。我国钢铁、水泥、化工等重工业的环境治理成本差异性较大，企业因环保投入提高了生产成本，导致缺少市场竞争力，“环保逆淘汰”现象普遍。
其次，缺乏国家层面的环境税收优惠政策。国家税务部门对由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地免征房产税及土地使用税，仅有环保业内部分事业性质单位能够享受到减免政策。
最后，环境治理细分行业优惠措施取消或不均衡。在增值税征收方面，财税【2015】78号文对“垃圾”的定义比国家原来执行的财税【2011】115号文有所收窄。
根据新规定，垃圾仅指城市生活垃圾、农作物秸秆等，而省略了环境影响更大的工业废弃物和危险废弃物(包括医疗废弃物)，使得工业及危险废弃物处理企业无法享受到增值税税收优惠，增加了此类企业的财税负担。
此外，财税【2015】78号文对于再生资源行业的税收优惠，仅惠及产业链末端的再加工利用型企业，而对于前端的大量回收拆解企业无影响。尤其从事回收的个体商贩通过偷税漏税能够压低自身回收成本，而正规回收及资源化企业需要承担前端的17%全额增值税，另外再加入城建、基建等方面的费用，再生资源行业实际税负达19%以上。
“近几年，我国进入经济结构调整及产业转型升级的新常态。缓解经济发展与环境保护的矛盾与冲突，应将构建绿色税收体系作为一个重要途径和抓手。”全国工商联环境商会秘书长骆建华介绍，“但是，目前高污染排放行业或地区的绿色税收调节作用并不明显。”
因此，《提案》提出了三项政策建议。
首先，建议正向激励与负面惩罚措施并行。
“针对工业企业的污染减排调控，一方面，尽快在全国范围内开征环保税，合理确定税目及税率，落实地方征收管理机制与流程，发挥税收在节能减排和污染防治方面的调节作用，增强刚性约束。”全国工商联环境商会会长、博天环境集团董事长赵笠钧分析，“另一方面，适度降低清洁能源或清洁产品的税负，纠正市场调节机制的失灵。”
骆建华指出，目前环保税的草案主要是将排污费平移为排污税，但理想的状况是排污税的税率应高于企业的治污成本，但现在在去产能、降成本的宏观背景下，排污税短期之内也不宜确定太高。
其次，改革现有的房产税及土地使用税优惠。在全国范围内实行对污水处理、垃圾处理等污染治理企业的生产经营性用房及所占土地的房产税和城镇土地使用税实行免征。
第三，优化有关的增值税及所得税优惠政策。应将工业和危险废弃物纳入“垃圾”的范畴。污水垃圾处理行业增值税率应比照现代服务业6%的增值税税率计征，而不应按照一般纳税人的17%税率计征，应明确退税时限，做到即征即退。
