蓝藻在气温较高时极易在富营养化的河湖中大量繁殖，并伴随着溶解氧下降、水质变黑变臭、藻毒素释放和生态多样性下降等问题，严重破坏生态系统和水体环境，对水生生物生存以及人们的生活和活动等产生严重的影响。因此，蓝藻水华的治理就变得至关重要。然而，由于蓝藻特殊的属性，其治理成为一大难题。同时有人利用蓝藻的特性将其制成“益生食品”和“超级食品”，这些所谓蓝藻资源化的健康食品真的健康吗?
慎提蓝藻产业化
蓝藻的蛋白质含量比任何一种食物都要高，除此之外，蓝藻还含有重要脂肪酸、亚麻酸、脂质、核酸(脱氧核糖核酸和核糖核酸)、维生素B 群、维生素C、E 和植物元素。通过一定的技术利用蓝藻制作成的食物，被形容为“益生食品”和“超级食品”。这些所谓蓝藻资源化的健康食品真的健康吗?
但是，从水华中提取的蓝藻制作食物需要小心，因为水体中还含有重金属、蓝藻毒素等有害物种。
另外，蓝藻藻体内含有大量的氮磷等营养物种，本身就是很好的肥料。所需技术只是将蓝藻收集，并辅助以常规的肥料制作技术。事实上，已经有很多农民在利用这种简单的技术把蓝藻制作成有机肥料。
看到蓝藻的这种特性，有专家针对蓝藻的大面积暴发，提出了“变废为宝”的建议——建立蓝藻产业链。
这样的提议看似充满了诱惑力，事实上有很多地方是我们必须要谨慎对待的：
一，对于一个产业来说，蓝藻的供应量无疑是不足的;
二，生产出的肥料是否能做到物美价廉，受到农民的欢迎;
三，由蓝藻制作而成的食品，是否能得到消费者的认同?
所以说，应慎提产业化，毕竟利用污染的蓝藻做产业有其局限性，如制作出来的食物就不能进入食物链;只有制作肥料，但其中的重金属等也不好处理。
就目前来说，可以发展一些围绕湖水污染处理的环保产业，但是，治理好了，这些产业生命也就结束了。如果真的要搞产业，倒不如将这些费用用于开发上游的有机种植产业，如建立沼气池，进行厕所革命、厨房革命，引导城市人群科学消费，多花的钱对自己来说是买了健康，对国家来说是治理了污染，而且，这个产业是有生命力的，是可以持续发展的。因此，不要在末端的蓝藻上做文章，而应在源头的重要污染物治理、有机种植和有机产品市场开发上做文章。
国外治理水华的成功做法
芬兰是“千湖之国”，在废物的有效控制与循环利用、水资源的可持续管理、空气和水的环境监控、卫星遥控系统等领域都处于世界领先地位。芬兰提倡水资源循环利用和废物有效控制是非常正确的，这个在中国也有现实意义。
日本早在1979年就实施湖泊富营养化防治条例，内容已包括工业企业排放管理、含磷洗涤剂禁用、氮磷排放控制等，并明确了县、市、町、村，企业家，县民的责任，十分具体详细。
澳大利亚在河流湖泊富营养化治理过程中采用了整体流域管理模式，其决策不以某个州，而是以整个流域的总体利益为基础。
在美国，为解决流域中各行政区域间的矛盾，湖泊最高管理机构可以考虑由流域内各行政区分别派员组成。例如，五大湖的最高管理机构就是国际联合委员会。委员会由美国和加拿大政府各委派3名代表组成，委员会下面再设立为委员们服务的具体工作班子。
此外，在控源政策的实施过程中，寻求当地民众的支持也相当重要，一旦当地农民理解了土壤磷固定作用对湖泊富营养化控制的意义之后，执行情况就顺利得多。圣约翰斯河水资源管理局主要制定了4项恢复措施，包括降低外源磷输入、建造人工湿地、生物防治、水生植被恢复等，在治理过程中外源性磷的削减被认为是水体透明度提高的主因，随后生物操纵法的效果显现，水生植被也能够长期生存。这个方案能够成功实施的前提条件是先切断营养源，尤其是磷。
防止和缓解的对策建议
造成河湖污染的原因很多，但主要有两个方面：
首先是沿流域的工业污水排放，各种垃圾未能集中处理;
其次是农田使用的大量化肥和农药随雨水流入河湖。
在饮用水源头，经常看到垃圾随处堆放，不能集中处理，特别是发达的餐饮业造成残羹剩饭乱倒，长期下来酿成了水体富营养化。
更严重的是，一些露天厕所，如几百人甚至上千人学校的粪便不经过处理，直接排放河道(北京某水库上游不久前还采取这种方法)，随后随雨水排入河湖，造成水体污染。在城市里，一些老城区排污管道和雨水管道多数是共用同一根管道。一到雨天，尤其是下大雨的时候，这种“同流合污”的管道就会将大量的污水排入河湖，导致水体富营养化污染。
要从根本上治理蓝藻污染，必须从源头上下功夫，即杜绝蓝藻的营养，“饿”死它们。在实施上述工程以及人工治理蓝藻之前，首先应当将经费集中到“断源”上来，如在城镇建立污水处理厂，对工厂实行关停并转，实现达标排放，农业实行有机种植，以农家肥替代化肥。只有源头控制了，在下游才能上人工措施，否则只能是边治理，边污染，治理赶不上污染。
具体建议
具体建议如下：
第一，源头控制，流域治理，在水源地上游改化肥农业为有机农业。有机肥是风险最小的、成本最低的“缓施肥”，对土地有很好的呵护作用，而且有机种植的产品价格远高于无机种植。
第二，上游工厂关停并转，严格达标排放，加大处罚力度，不能让企业再带着侥幸心理继续下去了，现在的情况是交罚款比买污染物处理设备要合算得多。
第三，上游小城镇和小城市上马污水处理厂，上游村庄发展沼气村落，使人畜粪便不露天、不下水、无蝇化，有机肥料直接返回农田。
第四，改变经济发展模式，加大环境保护力度。重在考核官员，将环境保护效果与其政绩结合起来。
第五，恢复天然湿地生态系统，在重要流域退耕还湿，恢复天然湿地植被，拒绝使用外来入侵物种，尤其在防治水体蓝藻污染时，要避免二次污染或生物入侵。
第六，政策补偿，平衡利益。发展替代生计，将治理费用的一大部分用来发展上游“断源”的替代生计，引导农民致富，和城市理性消费，保护生态环境，而不是将大量的经费用于在下游蓝藻或水体上小打小闹。
观点
藻类水华的控制与水体富营养化的治理是一个需要长期投入管理和治理的问题。在基本上了解水华发生的原因、影响因素等之后，我们应该从源头上控制污染物进入水体，降低富营养化发生频率，这是治理蓝藻水华的关键之处。
另外，还需要有政府大力的配合，从法律的高度上加强管理。其次，我们要加强预测、预警和预防治理，清楚认识水华形成的机制和规律，有针对性的选择应急措施、短期治理方法或者长期治理方案，综合运用物理、化学和生物技术治理水华。对废弃的藻类还可以采取有效的资源化手段加以利用，变“废”为“宝”，放大经济效益。
